Das ist völlig normal und gehört so, gib mal den Wischer in die "Nullposition" also nicht auf Stufe1/Automatic.
Wirst sehen der Wischer geht ganz runter

Das gilt nur, wenn der Motor/Zündung an ist.

Hier ist es einfach eine Schonfunktion, die beim Abstellen des Autos aktiv wird. Damit das Gummi nicht stets einseitig belastet wird, schiebt der Wischermotor beide Wischer im Stand immer mal wieder ein Stück hoch. Dadurch soll das Wischerblatt länger haltbar werden.

Beim rechten Wischer hab ich gemerkt, dass der wenn es regnet und ich Automatik an habe immer zunächst erstmal in die höhere Position fährt und ich ihn von innen sehen kann. Wenn es aber nur sehr wenig regnet dann fährt er erst ganz runter, in den unsichtbaren Bereich. Hast du den Wagen vielleicht letztes mal im Regen abgestellt, als er gerade in dieser Position war? Ich kann mich aber nicht erinnern, dass meiner jemals so weit oben stand. Da kommen ja Politessen ran, um Strafzettel hinter zu klemmen!

Teste doch mal mit nem Gartenschlauch und einstellbarer Wassermenge, ob er evtl in eine noch höhere Zwischenstellung verfährt oder ob er einfach immer in dieser Position stehen bleibt. Theoretische Möglichkeiten wären, dass der Wischerarm falsch montiert wurde (wüsste aber nicht, warum der überhaupt mal ab gewesen sein sollte) oder dass der Motor sich gelöst und verdreht hat (hab ich aber am Octavia noch nie gehört)

Die Sache mit dem rechten Wischer fiel mir auch auf - mal ist der Wischer sichtbar und dann wieder verschwunden - werde das mit der Wischher-Schaltung auf Automatik (Regensensor) sowie auf "aus" mal ausprobieren. Das dahinter eine elektronische Sache verborgen ist, erscheint mir logisch, da ein mechanisches Problem schlecht beide Wischerpositionen abbilden kann und der Endanschlag in der Scheibenmitte immer identisch ist - was auch mechanische Beeinflussung ausschließt!

Der 17. Mai ist nun doch schon eine Weile her, eventuell hat @Tinitus bereits eine Lösung/Ergebniss gefunden/erhalten.

Werde ich mal bei meinem schauen sobald möglich... (März 2017)

Mir ist das übrigens letztens auch aufgefallen.
Ich stand bei leichtem Nieselregen an der Ampel, der Scheibenwischer ist in seine Vorposition gefahren und nach ein paar Sekunden auf seine Endlage abgesackt.
Der Wischer stand auf Automatik.

Das einzige was die Bedienungsanleitung zu dem Thema sagt ist folgendes:
Nach jedem dritten Ausschalten der Zündung kommt es zum Wechsel der Ruhestellung der Frontscheibenwischer. Das wirkt einer frühzeitigen Ermüdung der Wischergummis entgegen.

it's not a bug it's a feature

na dann mache ich mir da keine weiteren Gedanken, wenn das viele von Euch so berichten - dann scheint das - warum auch immer - so gewollt zu sein ..