Ich habe das ganze über 10 Jahre gemacht und kenne mich ein wenig aus damit und glaube mir es gibt große Unterscheide.
Es werden ab Werk natürlich gleiche Motoren und Getriebe verbaut, wäre auch Blödsinn wenn man dafür andere Bauteile verwendet, das ganze kommt erst dann zum tragen wenn umgerüstet wird.
Früher gab es hierzu einen Maßnahmencode zur Freischaltung, jetzt wird das ganze Online per Freischaltdokument freigeschaltet. Bei der Freischaltung werden verschiedene Anpassungen an den Steuergeräte vorgenommen, dazu gehört auch der Motor und das Getriebe, von den anderen Steuergeräte spreche ich nicht mal, aber im Moment sind es bei einem aktuellen Fahrzeug um die 12 Anpassungen die vorgenommen werden.
So und jetzt kommen die Leute die eine AHK mit E-Satz fremd verbaut haben, wenn es eine gute Werkstatt ist wird vielleicht ein Gutmann Tester verwendet der so einiges machen kann und dann kommen die Leute die mit einer Fremdsoftware sich versuchen und den E-Satz freischalten und glaube mir eines, davon gibt es genügend die das so probieren und hier passieren die Fehler. Von leuchtender Motorkontrolle bis das die Lampenkontrolle verrückt spielt, es ist alles dabei und dann fährt man zum Freundlichen und weiß nicht mehr weiter........ und wollen das selbstverständlich behoben haben und am besten noch auf Garantie.
Das was Du beschreibst mit deiner Kulanz ist nicht das Problem von Skoda, das ist ein Händlerproblem und die Tatsache das es "gute" und "weniger gute" Werkstätten gibt und das ist leider einfach nicht zu lösen.