Zur Auflösung:

Im Entwicklermenü vom Navi haben wir gesehen das er dauerhaft S Kontakt hat.
Schlüssel steckt Signal da, Schlüssel gezogen immer noch Signal da.
Haben zur Probe mit VCDS den Haken im Lenksäulensteuergerät bei Signal Zündanlassschlater gesetzt, und siehe da. Sofort ging alles wie vorher.
Habe mir 2 Anlassschalter im Zubehör gekauft, die beide nicht gepasst haben. Aber alleine das wackeln und rumdrücken am eingebauten Schalter, hat für eine Woche Ruhe gebracht.
Jetzt habe ich zur Sicherheit noch den Originalen von Skoda eingebaut, und seit dem Ruhe.

Hoffe das Thema ist damit erledigt.
Im nachhinein sind die Fehler logisch nachzuvollziehen. Wenn man einen Schlüssel im Zündschloss hat, und mit dem Zweitschlüssel abschließen will geht es auch nicht.